जल विज्ञान तथा जलस्रोत अनुसन्धान केन्द्रको मुख्य उद्देश्यहरू निम्न बमोजिम रहेका छन्:-
- नदीहरूको बहाव, थिग्रेनी बहाव र जलगुणको विवरण तथा नियमित तथ्याङ्क सङ्कलन गर्ने, भण्डार गर्ने, प्रशोधन गर्ने तथा बितरण गर्ने, जलगुणको नियमित अनुगमन गर्ने ।
- समग्र मुलुकको जलस्रोत (हिममण्डल, हिम ताल, अन्य ताल, हिमनदी, नदी देखि चुरेबाट प्रवाहित साना नदीहरु समेत) को सबै आयामहरूको वैज्ञानिक अध्ययन-अनुसन्धान गरी समग्र जलस्रोतको विकास र व्यवस्थापनमा सहयोग पुर्याउने;
- जलस्रोतको वैज्ञानिक विवरण तयार गर्न हिम मण्डल देखि हिम नदी हुँदै, नदी बहाव, भूमिगत जलस्रोतको अवस्थाको अध्ययन, अनुसन्धान तथा अनुगमन गर्ने;
- वर्षा-बहाव सम्बन्ध, जल उपलब्धता, जल गुणस्तर, र दीर्घकालीन परिवर्तन (जस्तै जलवायु परिवर्तनको प्रभाव) को विश्लेषण गर्दै तथ्यमा आधारित व्यवस्थापन प्रणाली विकास गर्ने,
- नदी बहावको पूर्वानुमान, बाढी पूर्वानुमान (२४ घन्टे), पुर्व सूचना प्रणाली को विकास र विस्तार गर्ने, जलजन्य विपद (बाढी, पहिरो, हिम पहिरो, डुबान, गेग्रान बहाव, खडेरी आदि) को जोखिम मुल्यांकन गर्ने, जोखिम न्यूनीकरणको लागि अभौतिक पूर्वाधार (Early Warning System) को विकास र विस्तार गर्ने साथै भौतिक पूर्वाधारको लागि प्रविधिहरूको विकास गर्ने,
- जलजन्य विपदबाट हुने क्षति न्यूनीकरणको लागि उच्च स्तरीय वैज्ञानिक बिधिहरूको प्रयोग गर्ने, यस कार्यमा रिमोट सेंसिंग, मेसिंग लर्निंग, कृतिम बुद्दीमत्ताको प्रयोगमा जोड दिने,
- हिमताल बिष्फोट जोखिम न्यूनीकरणको लागि अति जोखिममा रहेका तालहरू पहिचान गरी पुर्वसूचना प्रणाली सहितको हिमताल बिष्फोटबाट हुने जोखिम न्यूनीकरणको लागि कार्य गर्ने,
- जलविद्युत, सौर्य ऊर्जा, बायु ऊर्जा का साथै हाइड्रोजन ऊर्जा जस्ता ऊर्जा स्रोतहरूको दिगो, प्रभावकारी र वातावरणमैत्री उपयोगका लागि अनुसन्धान गर्ने, प्राप्त तथ्याङ्क तथा अनुसन्धानबाट प्राप्त तथ्यका आधारमा जलस्रोतको दिगो उपयोग, संरक्षण र समुचित वितरण सुनिश्चित गर्न सहयोग पुर्याउने;
- जलस्रोतको समग्र विकासको लागि जल-ऊर्जा-खाद्य सम्बन्ध (Water-Energy-Food Nexus) को गहन अध्ययन गरी एकीकृत जलस्रोत योजना र नीति निर्माणमा योगदान दिने,
- जलविज्ञान, जलस्रोत तथा ऊर्जा क्षेत्रमा कार्ययरत जनशक्तिको क्षमता अभिबृद्धि गर्न तालिम तथा क्षमता अभिबृद्धीका कार्यक्रमहरु संचालन गर्ने । जलस्रोत र जल विज्ञानको क्षेत्रमा स्थानीय तह देखि राष्ट्रिय तह सम्म क्षमता अभिबृद्धि कार्यहरू सञ्चालन गर्ने, राष्ट्रिय स्तरमा तयार गरिएको प्रविधिहरू प्रदेश र स्थानीय स्तर सम्म हस्तान्तरण गर्ने;
- समग्र जल तथ्याङ्कहरूको एकीकृत जल तथ्याङ्क डाटाबेशको नियमित सञ्चालन गर्ने साथै सो तथ्याङ्कलाई राष्ट्रिय जलस्रोत तथ्याङ्क प्रणालीमा जोड्ने, जल तथ्याङ्कहरूको वैज्ञानिक अध्ययन गर्न-गराउन आमरुपमा नियमानुसार वितरण गर्ने,